Regresan Neo (Keanu Reeves) y Trinity (Carrie-Anne Moss). Años después de los eventos ocurridos en las entregas anteriores, Neo y Trinity parecen no recordar qué es la Matrix y se encuentran viviendo nuevamente dentro de la simulación.
En la antigua China, los dragones solian ser amigos de los humanos pero nuestra codicia termino con la alianza que existia y estas mágicas criaturas fueron cazadas. Años después, en una remota fortaleza, una joven esclava llamada Ping logra una inesperada amistad.